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水稻穗長(zhǎng)基因qPL9的精細(xì)定位及其候選基因分析

作者:連光倩; 翟雪; 尚菲; 王建飛 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)作物遺傳與種質(zhì)創(chuàng)新國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 江蘇南京210095

摘要:[目的]本研究旨在發(fā)掘水稻產(chǎn)量相關(guān)基因,為水稻產(chǎn)量性狀改良提供新的種質(zhì)資源,為水稻穗發(fā)育遺傳研究提供分子證據(jù)。[方法]利用表型差異明顯的粳稻‘茭白稻’和秈稻‘Saber’構(gòu)建F2群體,對(duì)其株高及穗部性狀進(jìn)行QTL檢測(cè)。根據(jù)F2結(jié)果,構(gòu)建F2∶3分離群體,對(duì)效應(yīng)值較高的穗長(zhǎng)QTLqPL9進(jìn)行驗(yàn)證、精細(xì)定位和候選基因預(yù)測(cè),并對(duì)候選基因進(jìn)行克隆、測(cè)序和序列比對(duì)分析。[結(jié)果]在F2群體中檢測(cè)到株高、穗長(zhǎng)、每穗穎花數(shù)、二次枝梗數(shù)、粒長(zhǎng)和粒寬共6個(gè)性狀的16個(gè)QTL。其中效應(yīng)最高的qPL9解釋了32.8%的穗長(zhǎng)變異,位于SSR標(biāo)記RM1189和L171之間,LOD值為8.27。對(duì)qPL9所在位點(diǎn)進(jìn)行驗(yàn)證后進(jìn)行精細(xì)定位,最終將其定位在InDel標(biāo)記L174與L171之間,物理距離為90.47kb,含有9個(gè)開(kāi)放閱讀框(ORF)。分析候選基因序列,發(fā)現(xiàn)LOC_Os09g28300、LOC_Os09g28310和LOC_Os09g28320的編碼序列在‘茭白稻’和‘Saber’間有差異,且導(dǎo)致氨基酸序列差異。[結(jié)論]qPL9是新位點(diǎn),其候選基因可能為L(zhǎng)OC_Os09g28300、LOC_Os09g28310和LOC_Os09g28320。

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南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)雜志

南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)雜志, 雙月刊,本刊重視學(xué)術(shù)導(dǎo)向,堅(jiān)持科學(xué)性、學(xué)術(shù)性、先進(jìn)性、創(chuàng)新性,刊載內(nèi)容涉及的欄目:動(dòng)物科學(xué)、植物科學(xué)、生物與環(huán)境、食品與工程、植物科學(xué)、綜述、生物與環(huán)境、食品與工程、綜述等。于1956年經(jīng)新聞總署批準(zhǔn)的正規(guī)刊物。

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