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應(yīng)用基因本體數(shù)據(jù)庫分析中波紫外線對HaCaT細胞microRNA表達的影響

作者:楊玲; 許速; 胡中華 解放軍昆明總醫(yī)院皮膚科; 650032; 解放軍昆明總醫(yī)院腫瘤科

摘要:目的應(yīng)用基因本體(GO)數(shù)據(jù)庫分析中波紫外線(UVB)對人永生化角質(zhì)形成細胞(Ha Ca T細胞)micro RNA(mi RNA)表達的影響。方法 Ha Ca T細胞根據(jù)UVB強度(100m J/cm^2、200 mJ/cm^2、400 mJ/cm^2)及輻照時間(12~24 h)的不同組合,完成7張mi RNA芯片[(對照、100 mJ/cm^2(12 h)、100 mJ/cm^2(24 h)、 200 mJ/cm^2(12 h)、200 mJ/cm^2(24 h)、400 mJ/cm^2(12 h)、400 mJ/cm^2(24 h)]的制作及掃描,篩選差異表達的mi RNAs,采用Target Scan進行靶基因預(yù)測,并對其進行基于GO數(shù)據(jù)庫的功能富集分析。結(jié)果不同強度UVB輻照HaCaT細胞后均出現(xiàn)差異miRNA表達,其中400 mJ/cm^2 UVB處理組的miRNA差異表達最為明顯,根據(jù)差異倍數(shù)(fc)篩選9個miRNAs擬進行后續(xù)實驗研究,分別為上調(diào)表達的miR-8063、miR-1273f、miR-4497、miR-4778-5p、miR-6510-5p和下調(diào)表達的miR-1973、miR-5100、miR-205-3p、miR-4485-3p。靶基因預(yù)測及GO富集分析發(fā)現(xiàn)部分靶基因功能涉及T淋巴細胞介導(dǎo)的細胞毒作用、T淋巴細胞耐受、B淋巴細胞分化、自然殺傷細胞增生、樹突細胞抗原處理提呈、免疫球蛋白產(chǎn)生以及中性粒細胞穩(wěn)態(tài)等方面。結(jié)論 UVB作用HaCaT細胞后存在差異表達miRNAs,其靶基因功能與體液免疫和細胞免疫相關(guān)。

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實用皮膚病學(xué)雜志

實用皮膚病學(xué)雜志, 雙月刊,本刊重視學(xué)術(shù)導(dǎo)向,堅持科學(xué)性、學(xué)術(shù)性、先進性、創(chuàng)新性,刊載內(nèi)容涉及的欄目:指南與共識、論著、書訊、綜述、皮膚科教學(xué)、皮膚病護理、病例報告、通知、消息等。于2008年經(jīng)新聞總署批準的正規(guī)刊物。

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